在东京的街头巷尾，时常会有离奇案件发生，而总能解开谜团的，便是那个看似是小学生，实则是高中生侦探工藤新一的江户川柯南。
这天，一座豪华酒店里发生了一起密室谋杀案。死者是一位富商，被发现死在自己的套房内，现场没有明显的打斗痕迹，门窗也都是从内部锁好的。柯南随着毛利小五郎来到现场，他仔细地观察着每一个细节，不放过任何蛛丝马迹。
他在死者的衣领上发现了一丝奇怪的纤维，又在窗户的缝隙中找到了一个微小的金属片。经过一番调查，柯南锁定了几位嫌疑人，分别是富商的商业伙伴、秘书和竞争对手。
柯南开始对他们进行询问，在与每个人的交谈中，他都在寻找着破绽。突然，他注意到商业伙伴的袖口上也有和死者衣领上相同的纤维。柯南心中有了一丝眉目，但还缺少关键的证据。
在进一步的搜索中，柯南在酒店的垃圾桶里找到了一个被丢弃的金属工具，和窗户缝隙中的金属片正好吻合。一切真相大白，柯南用麻醉针让毛利小五郎昏睡过去，开始了他的推理秀。他指出商业伙伴为了利益杀害了富商，并详细地阐述了作案手法。最终，凶手伏法，柯南又一次成功地破解了案件，守护了正义。在神秘莫测的米花町，高中生侦探工藤新一在一次追查黑衣组织时，不幸被灌下毒药，身体竟缩小成了小学生模样，化名江户川柯南，寄住在侦探毛利小五郎家中。
一天，毛利侦探事务所接到一桩离奇的案件。一位富商的巨额珠宝失窃，现场却没有留下任何明显的线索。柯南跟着小五郎来到案发现场，敏锐的他很快发现了一些被忽略的细节：窗户上有细微的划痕，似乎是被特殊工具打开的；地毯上有一串极淡的脚印，不仔细看根本难以察觉。
在调查过程中，柯南留意到富商家中的一名女仆行为举止十分可疑。每当大家询问相关情况时，她总是眼神闪烁，回答也支支吾吾。柯南不动声色地展开了对女仆的调查，发现她近期有大笔不明来源的资金入账。
随着推理的深入，柯南逐渐拼凑出了案件的全貌。原来，女仆勾结外部盗贼，利用自己熟悉家中环境的便利，偷走了珠宝。就在盗贼准备将珠宝转移出国时，柯南巧妙地设下陷阱，联合警方将盗贼和女仆一网打尽，成功找回了失窃的珠宝。富商对柯南等人感激不己，而柯南则在心中暗自期待着有一天能恢复身体，继续与黑衣组织展开对决。然而，在庆祝找回珠宝的晚宴上，柯南却发现了一个神秘的身影。那身影一闪而过，带着一种让柯南熟悉又警惕的气息——黑衣组织。柯南立刻追了出去，可那身影消失在了黑暗中。
接下来的日子，米花町又发生了一系列看似无关的小案件，但柯南却敏锐地察觉到这些案件背后似乎有一只无形的手在操控，而这只手极有可能来自黑衣组织。
在一次调查新案件时，柯南遇到了一个自称是侦探的神秘少年。少年聪明机智，推理能力丝毫不逊色于柯南。两人合作解开了案件，但柯南却对少年的身份充满了怀疑。
随着与少年接触的增多，柯南发现少年似乎也在暗中调查着什么。一次偶然的机会，柯南发现少年竟然知道自己就是工藤新一。原来，少年是黑衣组织内部的反抗者，他一首在寻找机会扳倒组织，才接近柯南。两人决定联手，共同对抗黑衣组织，一场更加惊心动魄的对决即将拉开帷幕。两人开始秘密策划针对黑衣组织的行动。他们先从收集组织的情报入手，利用少年在组织里残留的一些关系，获取了部分成员的行踪和近期计划。与此同时，黑衣组织也察觉到了内部有叛徒，开始进行肃清行动。柯南和少年必须加快节奏，以免被组织发现他们的计划。
一次，他们得到消息，黑衣组织要在一座废弃工厂进行重要交易。柯南和少年提前潜伏到工厂附近，等待最佳时机。当交易开始，他们瞅准机会，突然发动攻击，打了组织成员一个措手不及。然而，组织很快反应过来，双方陷入了激烈的战斗。在关键时刻，警方接到柯南提前发出的信号赶来支援，将大部分组织成员一网打尽。但组织的核心人物还是逃脱了，不过这次行动给黑衣组织造成了重创。柯南和少年明白，真正的战斗还未结束，他们将继续并肩作战，首到彻底摧毁黑衣组织。经过这次打击，黑衣组织开始疯狂报复。他们设下陷阱，引柯南和少年入局。柯南和少年在追踪一条新线索时，落入了组织精心布置的圈套，被重重包围。就在他们陷入绝境之时，毛利兰出现了。原来，兰早就察觉到柯南身份不简单，暗中调查后得知了一切，一首在默默关注他们的行动。兰凭借出色的空手道技能，协助柯南和少年突出重围。此后，他们三人正式组成了对抗黑衣组织的铁三角。他们重新制定计划，准备深入组织内部。在一次卧底行动中，柯南意外发现组织正在研制一种更可怕的药物，一旦成功，后果不堪设想。柯南、少年和兰决定不惜一切代价阻止药物研制。他们兵分三路，潜入组织基地，与敌人展开了一场惊心动魄的最终对决。在激烈的战斗中，他们凭借智慧和勇气，突破重重关卡，最终捣毁了药物实验室，彻底摧毁了黑衣组织的阴谋。而柯南也在这场战斗后，成功恢复了工藤新一的身份，与兰相拥在一起。然而，事情并未就此结束。在清理黑衣组织基地时，他们发现了一个隐藏的地下室，里面竟有一台神秘的仪器正在运转。新一刚靠近，仪器突然发出强烈光芒，等光芒消散，竟出现了一个与新一长得一模一样的克隆人。这克隆人拥有黑衣组织注入的邪恶思想，一心想要取代新一。他迅速逃离了基地，开始在城市中制造混乱，嫁祸给新一。新一三人组不得不再次行动起来，一边向警方和众人证明自己的清白，一边追踪克隆人的下落。他们发现克隆人正在利用黑衣组织残留的势力，企图重建一个更恐怖的犯罪集团。经过一番艰苦的追踪和激烈的交锋，新一凭借自己的智慧和勇气，找到了克隆人的弱点，最终在一场惊心动魄的对决中打败了克隆人，彻底消除了这个隐患。城市恢复了往日的平静，新一、兰和少年也继续守护着正义，迎接新的挑战。平静的日子没过多久，新一又收到了一封神秘信件。信中警告他，黑衣组织虽被摧毁，但还有一股隐藏更深的邪恶势力在暗处观察着他。新一意识到，危险远未结束。
在调查这股新势力的过程中，他们发现这股势力与国际犯罪集团有千丝万缕的联系。他们利用高科技手段进行犯罪活动，手段极其隐蔽。
新一、兰和少年决定主动出击，他们追踪到了犯罪集团的一个秘密据点。在潜入据点时，却遭遇了重重机关和陷阱。经过一番艰难的战斗，他们终于找到了犯罪集团的核心人物。
原来，这个核心人物竟是新一小时候的玩伴，因一次意外走上了犯罪道路。他一心想要报复新一，认为是新一夺走了他原本的生活。
在最后的对决中，新一用自己的真诚和正义打动了他，让他放弃了复仇的念头。最终，犯罪集团被彻底摧毁，城市再次恢复了安宁。而新一、兰和少年也更加坚定了守护正义的决心，随时准备迎接下一个挑战。
就在大家以为一切尘埃落定之时，新一突然收到了服部平次的紧急求助。原来，大阪出现了一系列诡异的杀人案件，死者身上都刻有奇怪的符号，现场还留下了神秘的预言。平次在调查过程中遭遇危险，被困在了一座古老的城堡里。
新一等人立刻赶往大阪。进入城堡后，他们发现这里机关重重，每一个房间都隐藏着秘密。在探索过程中，他们陆续发现了更多死者，那些奇怪符号似乎指向一个古老的诅咒。
随着调查深入，他们遇到了一个神秘人，此人知晓诅咒的来龙去脉。原来，这一切是一个复仇计划，有人利用古老诅咒掩盖自己的杀人行径。
就在他们即将揭开真相时，神秘人突然发难，原来他就是凶手。一场激烈的搏斗展开，新一、平次、兰和少年凭借各自的能力，最终制服了凶手，破解了诅咒，拯救了大阪城。而新的冒险，或许又在不远处悄然等待着他们。
