在繁华都市的背后，隐藏着无数的谜团与罪恶。高中生侦探工藤新一在调查一起神秘案件时，意外被黑衣组织灌下毒药，身体竟缩小成了小学生模样，从此化名江户川柯南，寄住在毛利小五郎家中。
这天，毛利侦探事务所接到了一桩棘手的委托。一位富商称自己收到了匿名的死亡威胁信，信中言辞凶狠，声称要让他付出惨痛代价。柯南敏锐地察觉到此事不简单，立刻跟随毛利小五郎前往富商家中展开调查。
在富商家中，柯南仔细勘察每一个角落，不放过任何蛛丝马迹。他发现了一些奇怪的脚印和被翻动过的文件，似乎有人在暗中窥探着富商的秘密。随着调查的深入，柯南锁定了几个可疑的嫌疑人，他们分别是富商的商业竞争对手、心怀不满的员工以及神秘的访客。
为了揭开真相，柯南巧妙地利用毛利小五郎的身份展开推理。他通过一系列的线索和证据，逐步还原了事件的全貌。原来，是富商的商业竞争对手为了谋取利益，雇佣了一名员工实施了这起威胁事件。最终，柯南成功地破解了谜团，将罪犯绳之以法，富商也因此化险为夷。
尽管身体缩小，但柯南凭借着自己的智慧和勇气，始终坚守着侦探的使命，继续在充满谜题的世界里追寻真相。
然而，案件虽然告破，柯南却隐隐觉得事情没有这么简单。在整理线索时，他发现了一个被忽略的细节——威胁信上的一个特殊符号。这个符号与黑衣组织似乎有着某种联系。柯南决定深入调查这个符号，他开始在图书馆里翻阅各种资料，寻找与之相关的信息。就在这时，一个神秘的少年出现在他的视线中。少年有着深邃的眼眸和敏锐的洞察力，似乎对柯南的调查也很感兴趣。柯南警惕起来，试探性地与少年交谈，却发现少年对案件有着独特的见解。两人在交流中碰撞出思维的火花，决定携手合作，共同揭开这个符号背后的秘密。他们顺着符号的线索，一路追查，逐渐接近了一个更大的阴谋。而这个阴谋，似乎与黑衣组织的下一步计划息息相关。柯南心中暗喜，有了这位神秘少年的帮助，或许离恢复身体和彻底摧毁黑衣组织又近了一步。夜幕笼罩下的米花町，一场神秘的珠宝盗窃案悄然发生。璀璨的钻石不翼而飞，现场只留下一串奇怪的脚印和一抹神秘的黑影。名侦探柯南与毛利小五郎等人迅速赶到现场，开始了细致的勘察。
柯南敏锐的目光在现场来回扫视，不放过任何一个细节。他发现脚印旁有一些微小的粉末，经过分析，似乎与某个化学实验室有关。与此同时，警方锁定了几个嫌疑人，其中包括一位神秘的珠宝商和一个行为诡异的摄影师。
柯南开始暗中调查这些嫌疑人。在与他们的接触中，他察觉到珠宝商的眼神中透露出一丝慌张，而摄影师则总是有意无意地避开众人的视线。随着调查的深入，柯南逐渐揭开了一个惊人的阴谋。原来，这起盗窃案背后隐藏着一个国际犯罪组织，他们企图利用这些珠宝进行非法交易。
在一个风雨交加的夜晚，柯南终于找到了犯罪组织的老巢。他巧妙地避开了敌人的陷阱，与犯罪分子展开了一场惊心动魄的较量。最终，柯南凭借着自己的智慧和勇气，成功地将犯罪分子一网打尽，找回了丢失的珠宝。
案件结束后，米花町又恢复了往日的平静。柯南依旧以小学生的身份生活着，但他心中的正义之火从未熄灭，随时准备迎接下一个挑战。然而，平静并未持续太久。一封来自怪盗基德的预告函打破了米花町的宁静。预告函上明确表示，他将在今晚午夜时分，盗走博物馆中那颗稀世蓝宝石。柯南听闻，立刻兴奋起来，这可是与怪盗基德的再次对决。他迅速联合警方，制定了周密的防范计划。到了午夜，博物馆里灯火通明，警方严阵以待。就在众人高度紧张之时，一道白色的身影如鬼魅般出现在博物馆上空。怪盗基德轻松避开层层防线，来到蓝宝石前。柯南紧追不舍，与怪盗基德展开了一场智力与速度的较量。就在怪盗基德即将得手之际，柯南巧妙地设下陷阱，困住了他。可就在柯南以为胜券在握时，怪盗基德却突然消失不见，只留下一句意味深长的话：“下次，我会让你输得更彻底。”柯南望着怪盗基德消失的方向，暗暗发誓，下次绝不会再让他得逞。月光洒在城市的高楼大厦上，怪盗基德宛如夜之精灵，优雅地现身于博物馆的天台上。他身着白色的披风，在夜风中猎猎作响，单片眼镜折射出神秘的光芒。
博物馆内，那颗传说中的宝石正散发着的光泽。基德嘴角微微上扬，带着一抹自信的微笑，施展他那令人惊叹的魔术技巧，巧妙地避开了层层机关和守卫。
他如鬼魅般穿梭在展厅中，每一个动作都精准而流畅。就在他即将拿到宝石的瞬间，警笛声突然响起，警方己将博物馆团团包围。
但基德丝毫不慌，他点燃了手中的烟雾弹，瞬间，烟雾弥漫开来。趁着混乱，他展开披风，如同一只白色的鸟儿飞向夜空。
警方在地面上西处搜寻，却只能望着他远去的背影。基德在空中回首，对着地面上的警察们抛了一个飞吻，然后消失在夜幕之中。
第二天，报纸上登出了怪盗基德再次得手的消息，人们又开始议论起这位神秘又迷人的怪盗，而基德早己带着宝石，开启了下一场未知的冒险。柯南看着报纸上怪盗基德的报道，心中满是不甘。这时，之前和他一起调查案件的神秘少年又出现了，少年看着报纸，眼中闪过一丝兴奋。“我也想会会这个怪盗基德。”少年说道。柯南思索片刻，决定和少年再次合作，共同对付基德。他们通过分析基德以往作案的规律，推测出他下一个目标可能是一座古老城堡中的珍宝。两人提前来到城堡，仔细勘察地形，设下重重陷阱。到了基德预告的时间，城堡里灯光闪烁。基德如约而至，他一进入城堡就察觉到了异样，但依旧凭借高超的技巧化解了不少陷阱。柯南和少年在暗处观察着，伺机而动。就在基德快要拿到珍宝时，柯南和少年同时发动攻击。一番激烈的交锋后，基德竟露出了赞许的笑容，“不错的对手，不过，这珍宝我还是带走了。”说着，他又用出拿手的魔术，消失在众人眼前。柯南和少年望着基德离去的方向，相视一笑，他们知道，下一次对决，会更加精彩。此后，怪盗基德又发出了新的预告函，目标是一艘豪华游轮上的稀世珍珠。柯南和少年再次联手，登上游轮准备迎接挑战。游轮上名流云集，气氛热闹非凡。柯南和少年在人群中穿梭，留意着每一个可疑的迹象。
基德出现时，游轮上瞬间灯光熄灭。黑暗中，基德如幽灵般在珍珠展柜前现身。柯南和少年迅速行动，然而基德的魔术手段层出不穷，让他们一时难以应对。就在基德拿到珍珠的瞬间，少年突然发现了基德的一个破绽，他和柯南配合，成功打乱了基德的节奏。
就在他们以为能抓住基德时，游轮突然剧烈晃动起来。原来是一群神秘海盗趁乱登船，他们的目标也是那颗珍珠。基德、柯南和少年不得不暂时放下彼此的争斗，共同对抗海盗。一番激烈的战斗后，他们成功击退海盗，而基德也趁着混乱再次消失，不过这次他留下了珍珠。柯南和少年看着彼此，知道这场与怪盗基德的较量还会一首持续下去。之后，怪盗基德又预告要盗取一座古老寺庙中的神秘佛宝。柯南和少年提前赶到寺庙，他们发现寺庙中隐藏着许多未知的机关和谜题。当基德现身时，寺庙中突然涌出一群忍者打扮的人，他们似乎是在守护佛宝。基德一边躲避着柯南和少年的追捕，一边还要应对这些忍者的攻击。柯南和少年在混乱中发现，这些忍者并非真正守护佛宝，而是另有阴谋。他们与基德达成短暂合作，共同破解机关和谜题，揭露了忍者背后一个企图利用佛宝谋取私利的邪恶组织。在一番惊心动魄的战斗后，他们成功阻止了邪恶组织的阴谋。战斗结束，基德又一次潇洒离去，只留下柯南和少年。他们明白，未来还会有更多与基德的精彩对决，也会有更多隐藏在暗处的邪恶势力等待他们去挑战，而他们也将携手，在侦探与怪盗的奇妙缘分中，继续书写属于他们的传奇故事。
