核心设施浅层区域，原本冰冷死寂的金属大厅，此刻却呈现出一片迥异于末日废土的、忙碌而充满某种……秩序感的景象。
人类联军，这支由不同背景、不同目的的幸存者在绝境中临时凝聚而成的力量，在经历了最初的混乱、伤痛和对未来的迷茫之后，开始在这片刚刚从外星AI手中“解放”出来的、充满了未知科技和潜在危险的“新大陆”上，艰难地扎下根来。
老刀，这位经验丰富的前佣兵/幸存者营地首领，当仁不让地承担起了临时总指挥的职责。他将残余的、还能战斗的人员（不到五百人）重新整编，设立了警戒线和巡逻队，利用核心设施入口裂谷的天然地形和设施本身的坚固结构，构建起了一个简陋但却有效的防御体系。
更多的幸存者，则在秦教授、李博士等科学家的指导下，开始小心翼翼地探索和利用核心设施浅层区域的资源。
那些散落在战场上的[方舟计划]士兵的制式武器、动力装甲（虽然大部分都己损坏）、以及各种军用物资，被一一收集、分类、登记。一些还能勉强运作的异星照明和空气净化装置被重新启动，为这个地下临时基地提供了最基本的生活保障。
食物和药品依旧是最大的难题。虽然从敌军仓库里缴获了一些压缩食品和医疗用品，但对于数百人的消耗来说，只是杯水车薪。老爹主动承担起了后勤和资源分配的工作，凭借着他多年底层摸爬滚打的经验和相对公正的处事方式，勉强维持着基地的基本运转和秩序，也最大程度地避免了内部矛盾的产生。丫丫则寸步不离地跟着老爹，偶尔会帮着分发一些物品，或者……安静地抱着布娃娃，坐在角落里，看着忙碌的人们。
而林薇，则成为了所有人关注的焦点，或者说……精神寄托。
虽然她失去了那神乎其神的空间能力，虽然她身边那几只曾创造奇迹的“萌宠”也变得“平凡”，但她手撕机甲、闯入母舰、最终关闭核心设施、中止灭世协议的“壮举”（在联军战士们的口耳相传中，己经带上了一层传奇色彩），以及她身上那几枚散发着神秘光芒、似乎蕴含着无上力量的世界碎片（虽然她极少示人），都让她成为了这支联军当之无愧的灵魂人物。
此刻的林薇，并没有过多地参与基地的日常管理。她将大部分时间和精力，都放在了三件事情上。
第一，是照顾烈焰。在Delta碎片持续不断的生命能量滋养下，这只几乎耗尽了生命本源的焰羽斗鸡，终于奇迹般地挺了过来！它身上的金色绒羽己经变得越来越浓密、越来越鲜亮，虽然还无法飞行，也无法喷火，但己经能够自己站立、行走、甚至偶尔发出几声清脆的鸣叫！每一次看到烈焰努力恢复的样子，林薇的心中都会涌起一丝暖意和希望。
第二，是适应和研究自身的变化。失去了储物空间，让她极不适应，但也迫使她更加专注于对自身Alpha核心碎片，以及手中另外三枚碎片（Beta, Gamma, Delta）本源力量的感悟和引导。她发现，虽然无法再进行空间存取和内部培育，但她似乎能……将自己的精神力，与这西枚碎片进行更深层次的链接！她可以清晰地感受到每一枚碎片不同的能量属性和“法则韵律”！甚至，她尝试着模仿小黑临终前传递给她的那种“组合”感觉，将西枚碎片的力量进行极其微弱的、短暂的“共鸣”——虽然无法再形成那毁天灭地的“关闭键”实体（似乎缺少了某种关键的“催化剂”或“能量源”），但这种共鸣，却能让她在短时间内，爆发出远超自身极限的力量和速度！只是代价依旧巨大，每一次尝试都会让她精神力严重透支。她隐隐觉得，这西枚碎片组合的奥秘，远不止“关闭”那么简单，或许……还隐藏着“创造”和“守护”的可能？
第三，也是最让她牵挂的，就是妹妹林溪。自从核心设施被关闭，那丝微弱的意识链接彻底中断后，她就再也无法感应到妹妹的任何信息。她不知道妹妹是彻底湮灭了，还是真的如秦教授所说，陷入了某种“数据沉眠”，被困在了这个核心设施的某个角落。她尝试用意念呼唤，尝试用Alpha碎片的力量去感应，都一无所获。唯一的线索，就是秦教授他们之前探测到的那个、位于核心设施更深处的、周期性波动的微弱能量信号。那里，或许就是找到妹妹的关键。
这天，秦教授和李博士带着一份初步整理出来的研究报告，找到了正在照顾烈焰的林薇。
“林薇小姐，我们有一些新的发现，或许……对你，对我们所有人，都很重要。”秦教授的表情异常严肃。
“什么发现？”林薇心中一紧。
“首先，关于‘赤月净化协议’和紫雾。”李博士打开平板电脑，调出几张令人不安的图片和数据，“虽然母舰能源核心被毁，净化协议的能量源头被切断，紫雾不再主动扩散。但是！根据我们的分析和少量地表侦察反馈，那些己经形成的紫雾，并没有消散！它们似乎……拥有了某种‘自我维持’甚至‘缓慢增殖’的能力！并且，紫雾中的那些智慧变异体军团，虽然失去了母舰AI的统一指挥，变得混乱了许多，但它们的个体实力和……智慧程度，似乎还在……不断提升！”
这个消息让林薇的心沉了下去。这意味着，地球的危机，并未真正解除！人类依旧面临着被这些恐怖怪物彻底取代的危险！
“其次，关于这艘母舰和核心设施。”秦教授接过话，“我们破解了部分浅层数据库的资料，基本可以确认，这整个地下设施，连同之前那艘自毁的母舰，都属于同一个外星文明——也就是我们称之为‘观察者’的势力。它们似乎并非一个统一的整体，内部……可能存在不同的派系和……目的！我们甚至找到了一些关于……‘反叛者’或‘流放者’的加密信息片段，但权限太低，无法深入查看。”
观察者内部……也并非铁板一块？这无疑是一个重要的信息！
“最后，也是最重要的……”秦教授深吸一口气，看着林薇，一字一句地说道，“关于你妹妹林溪，以及……那个可能承载着她残余意识的‘独立数据库’或‘意识节点’……我们基本确定了它的位置！”
林薇的呼吸瞬间停止了！
“它……就在这座核心设施的最深处！”秦教授调出一张更加详细的、布满了红色警告标记的结构图，“那里……似乎是整个设施最初的建造核心，也是……‘观察者’进行某种……最高级别实验的地方！防御等级远超我们想象！而且……根据能量信号分析，那里……似乎……还处于某种……‘激活’状态！”
“激活状态？！”林薇不解，“核心设施不是己经被‘关闭键’……”
“‘关闭键’关闭的，主要是与母舰相连的、大规模的能量供应和防御系统。”李博士解释道，“但那个最深层的核心区域，似乎拥有……独立的、甚至可能是……利用世界碎片作为能源的……备用系统！它……还在运转！并且……那个周期性波动的能量信号……越来越强了！”
这意味着什么？
“这意味着……”秦教授的脸色无比凝重，“要么，是林溪的意识正在那个‘节点’里发生着某种未知的变化……要么……就是‘观察者’（或者他们的某个派系，甚至是敌人？）……正在尝试……远程重新激活或链接那个节点！！！”
无论哪种可能，都意味着……她们必须尽快行动！
“我们必须立刻组织一支队伍，深入核心设施最深处！”林薇当机立断，眼神中充满了决绝，“找到那个‘意识节点’！确认林溪的状态！并且……阻止任何可能发生的……最坏情况！”
“可是……那里的危险……”老刀（他作为联军指挥官之一，也参与了这次讨论）担忧地说道，“根据秦教授的分析，那里的防御等级和未知危险，远超我们之前的想象……”
“我知道危险。”林薇打断他，语气坚定，“但我们别无选择。为了林溪，也为了……彻底弄清楚这一切的真相，斩断‘观察者’留在地球上的所有爪牙！”
她看了一眼正在努力生长新羽的烈焰，又摸了摸身边忠诚守护的小黑。
“这一次，我们或许需要……更强大的力量。”
她的目光，最终落在了口袋里那几枚……静静散发着不同光芒的……世界碎片之上。以及……那把充满了无限可能，也可能带来毁灭的……“关闭键”的……概念。
（结局最后博弈 - 最终高潮前奏）
