南太平洋的无名小岛在暴雨中若隐若现，段云飞操控着【深海核潜艇】冲破海面，舷窗外闪过发光的水母群。工藤新一盯着声呐屏幕，手指在控制面板上敲击：「岛下300米有金属反应，结构和海底基地相似，但多了12个独立舱室。」
【叮！触发最终决战任务：摧毁黑衣组织基因武器库。】
【任务说明：潜入无名小岛地下基地，阻止朗姆利用“潘多拉之盒”基因代码制造终极武器，解救工藤优作。】
【任务奖励：侦探币200000点，技能“基因武器解析”，黑衣组织彻底覆灭。】
潜艇驶入海底裂缝，段云飞开启【基因武器解析】技能，瞬间破解了基地的能量护盾频率。工藤新一掏出父亲留下的蛇形戒指，插入控制台，通道两侧的月光花藤蔓自动分开，露出关押工藤优作的透明舱室。
「父亲！」工藤新一冲上前，却被舱壁的电流弹开。工藤优作躺在舱内，身上连接着基因导管，朗姆的声音从广播里传来：「工藤新一，段云飞，欢迎来到潘多拉的魔盒。」
段云飞看着舱壁上的基因图谱，【基因解析】技能让他瞬间明白：「朗姆想把乌丸莲耶的基因和月光花毒素融合，制造能改写人类DNA的病毒！」
米花町，毛利侦探事务所。
毛利兰对着工藤新一的照片发呆，桌上的新闻报道着南太平洋出现异常生物活动。灰原哀突然推门而入，手里拿着一份基因报告：「小兰姐姐，我检测到工藤君和段云飞君的DNA里，有微量的月光花毒素残留——那是永久解毒剂无法清除的。」
与此同时，无名小岛的地下基地，朗姆操控着机械臂将基因代码注入培养箱，紫色的病毒液开始沸腾。工藤优作突然睁开眼，按下了藏在舌下的遥控器：「新一，段云飞，快跑！」
基地开始坍塌，培养箱里的病毒体破箱而出，身体由月光花藤蔓和人类器官组成。段云飞开启【侦探之神】技能，瞬间规划出逃生路线：「跟我来！通风管道通往岛顶的火山口！」
工藤新一背着父亲，段云飞殿后，用【基因武器抑制剂】暂时瘫痪病毒体。朗姆在混乱中抓住段云飞的手臂，眼罩滑落，露出的眼睛竟是机械义眼：「你以为解毒剂真的完美无缺吗？工藤优作给你们的，只是延缓毒素发作的安慰剂！」
【叮！检测到重大剧情反转：APTX4869毒素己与宿主DNA融合，永久解毒剂实为基因锁，强制压制病毒活性。】
段云飞瞳孔骤缩，看着自己手臂上突然浮现的紫色纹路，和工藤新一、工藤优作的一模一样。工藤优作咳嗽着说：「对不起，新一，段云飞，我用解毒剂锁住了你们体内的病毒，但每年的今天，毒素都会反噬……」
一年后，星海市澄川中学的毕业典礼上。
段云飞摸着手臂上若隐若现的紫色纹路，手机收到工藤新一的短信：「今晚满月，毒素反噬期，米花町游乐园见。」他抬头看向天空，月光皎洁，和一年前在海底基地时一样。
游乐园的旋转木马上，工藤新一穿着高中生制服，手臂上同样有紫色纹路。毛利兰端着棉花糖走来，笑容灿烂：「新一，段云飞，你们终于肯一起出来玩了！」
段云飞看着她毫无察觉的样子，想起朗姆的话，心中一紧。工藤新一却突然指向天空：「快看，是基德！」
怪盗基德的白色身影掠过月亮，丢下一张预告函：「明日黄昏，盗取星海市博物馆的『生命之石』，那是解除基因锁的关键。」
【叮！触发新系列任务：破解“生命之石”之谜。】
【任务说明：阻止基德盗窃，查明“生命之石”与月光花毒素的关联，寻找彻底清除病毒的方法。】
【任务奖励：侦探币500000点，技能“基因锁破解”，黑衣组织残余势力最终肃清。】
段云飞看着系统面板上跳动的500000点奖励，又看了看工藤新一坚定的眼神，嘴角扬起笑容：「看来，我们的侦探之路，还远没有结束。」
工藤新一耸耸肩，模仿着段云飞的语气：「废话，大侦探的故事，怎么可能轻易结束？」
月光下，两人的侦探徽章同时闪烁，映照着远处基德消失的方向。APTX4869的基因锁仍在体内潜伏，黑衣组织的残余阴影尚未完全散去，而怪盗基德带来的「生命之石」，又将引出怎样的谜团？
段云飞和工藤新一的双生侦探传奇，在经历了身体互换、海底决战和基因危机后，迎来了全新的篇章。这一次，他们要破解的不仅是案件，更是刻在DNA里的命运谜题。
