漆黑的夜幕下，一辆列车风驰电掣般行驶着，突然，剧烈的爆炸声响起，列车瞬间陷入混乱。柯南所在的名侦探事务所收到委托，前来调查这起恐怖袭击事件。
柯南凭借着敏锐的观察力和过人的推理能力，迅速在现场发现了一些可疑线索。他注意到列车上有一个神秘的组织在暗中活动，他们似乎有着不可告人的阴谋。
随着调查的深入，柯南发现这起事件与一个国际犯罪集团有关。这个集团妄图利用一种新型的生化武器来达到他们的邪恶目的。而列车上的爆炸，只是他们计划的一部分。
柯南和他的伙伴们开始与时间赛跑，他们必须在生化武器被激活之前找到它并阻止犯罪集团的阴谋。在追踪过程中，他们遭遇了重重困难和危险，但柯南始终没有放弃。
最终，柯南凭借着智慧和勇气，找到了生化武器的藏身之处。在一场惊心动魄的对决中，柯南成功地阻止了犯罪集团的阴谋，保护了列车上乘客的生命安全。
列车缓缓停下，阳光洒在柯南疲惫却坚定的脸上。他知道，未来还会有更多的案件等待着他去破解，但他己经做好了准备。
就在柯南以为一切尘埃落定之时，他收到了一封神秘邮件，邮件里只有一句话：“这只是开始，真正的挑战还在后头。”柯南心中一紧，意识到犯罪集团背后或许还有更大的势力。
与此同时，毛利小五郎又接到一桩离奇的案件，一个古老家族的传家之宝神秘失踪，现场留下的线索指向一个神秘的符号。柯南和毛利小五郎赶到现场，却意外发现这个符号与之前列车恐怖袭击案中犯罪集团留下的标记有相似之处。
柯南决定深入调查这个古老家族，在调查过程中，他结识了一位同样聪明机智的少年侦探工藤新一（其实就是柯南本人的真实身份，但在这个情境中以另一种形式出现）。两人一见如故，携手合作，共同破解谜团。他们抽丝剥茧，逐渐揭开了一个隐藏在黑暗中的巨大阴谋，而这个阴谋的背后，似乎有着一股神秘的力量在操控着一切。柯南和新一决定联手，共同面对即将到来的挑战。他们顺着线索追查，来到一座废弃的工厂。刚踏入其中，便触发了机关，西周涌出大量烟雾。柯南和新一迅速背靠背，警惕地观察着周围。烟雾中，一群黑衣人现身，手持武器，将他们团团围住。柯南和新一毫不畏惧，凭借着敏捷的身手和默契的配合，与黑衣人展开了激烈的搏斗。就在他们逐渐占据上风时，一个神秘人出现了。神秘人实力强劲，几招就压制住了柯南和新一。就在神秘人准备下杀手时，神秘人的通讯器响起，他听了几句后，竟放过了柯南和新一，带着黑衣人匆匆离去。柯南和新一意识到，神秘人的背后还有更强大的主使。他们没有放弃，继续调查。通过对神秘符号的深入研究，他们发现这背后竟牵扯到一个跨越数十年的恩怨。而那个主使，似乎是为了复仇，才策划了这一系列的阴谋。柯南和新一决定加快调查速度，阻止主使的下一步行动，将真相大白于天下。
